Նրան կեղծ մեղադրանքներ են առաջադրվել «ագրեսիվ պատերազմ սանձազերծելու», «ահաբեկչության», «վարձկանների հավաքագրման և ֆինանսավորման» և այլ հոդվածներով:
Ավելի վաղ ադրբեջանական լրատվամիջոցները հայտնել էին Հարությունյանի և Լեռնային Ղարաբաղի ևս երկու նախկին ղեկավարների՝ Արկադի Ղուկասյանի և Բակո Սահակյանի ձերբակալության մասին: Նշվում է, որ նրանց տեղափոխել են Բաքու:
